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Trans-Prot

PLATEFORME DE TRANSCRIPTOMIQUE ET PROTEOMIQUE

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Présentation 

La plateforme de Transcriptomique et Protéomique (Trans-Prot) se trouve sur le site de l’UFR de Pharmacie de l'Université Paris Sud. Ouverte depuis 2005, elle collabore avec les équipes de recherche en mettant à leur disposition les technologies d'analyse qualitative et quantitative du transcriptome et du protéome, à partir de cellules et tissus d'origine variée.

La plateforme propose les technologies des puces à ADN et de la PCR en temps réel pour l'étude de l'expression transcriptionnelle des gènes, l’électrophorèse bidimensionnelle et la spectrométrie de masse pour l’analyse des protéomes.

Elle est ouverte aux chercheurs de l'UFR de Pharmacie, ainsi qu'aux laboratoires extérieurs, de statut public ou privé.

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Équipements

Qualification et quantification des échantillons

SPECTROPHOTOMETRIE : BIOMATE 3 (Thermofisher Scientific®)

  • Mesure d’absorbance UV-visible en spectres (190-1100 nm) ou à longueur d’onde fixe ;
  • Lecture en cuves standard ou en microvolumes (1-5 µl) avec TrayCell ® Hellma.

 

 

 

AUTOMATES D'ÉLECTROPHORÈSE :

  • BIOANALYZER 2100 (Agilent Technologies®)

Electrophorèse capillaire sur puce avec acquisition de fluorescence (laser 630 nm ; détection à 680 nm) ; contrôle qualité (taille des molécules, intégrité) et quantification d'ADN, ARN ou protéines. ;

 

 

  • QIAxcel Advanced ® (Qiagen)

Robot d'électrophorèse pour ADN (15 pb - 5 kb) ou ARN, pour 12 à 96 séparations par run, analyse de 96 échantillons en ~1 heure.

 

 

Équipements de transcriptomique

Amplification de l’ADN par PCR

PCR QUANTITATIVE :

  • CFX96 (Bio-Rad®) : 96 puits, 6 canaux de détection, fonction gradient de température ;
  • LIGHT CYCLER 1.2 (Roche Diagnostics®) : 32 capillaires, 3 canaux de détection.

 

PCR CONVENTIONNELLE :

  • TC-512 (Techne®: 96 puits, fonction gradient de température.

Puces à ADN

ETUVE A HYBRIDATION ROTATIVE : G2545A (Agilent Technologies)

  • Vitesse : 4 à 20 rpm ; température : ambiante-70°C
  • Rotor de capacité 24 chambres ; 6 chambres disponibles

 

SCANNER POUR MICROARRAYS

Acquisition de signaux de fluorescence sur lames

  • G2565CA (Agilent Technologies) : 2 lasers : 532 nm et 633 nm ; résolution 5 µm
  • AFFYMETRIX® 428™ : 2 lasers : 532 nm et 635 nm ; 3 filtres d’émission : 551, 570 et 665 nm ; résolution 10 µm

 

Équipements protéomique

Electrophorèse bidimensionnelle sur gel (2DE) :

1ère dimension ou isoélectrofocalisation (IEF) :

  • Ettan IPG phor II (GE-Healthcare)
  • Protean IEF Cell (Bio-Rad)

 

2ème dimension par SDS-PAGE :

(Sodium Dodecyl Sulfate-Poly Acrylamide Gel Electrophoresis)

  • Ettan DALTsix (GE-Healthcare)
  • Tetra Cell (Bio-Rad)
 

Numérisation des gels et analyse d'images 2DE :

  • Image Scanner (GE-Healthcare)
  • Typhoon 9400 (GE-Healthcare)
  • ImageMaster2DPlatinum (GE-Healthcare)
 

Préparation automatisée des échantillons pour la spectrométrie de masse :

  • Pickeur de gel : Ettan Spot Picker (GE-Healthcare)
  • Digesteur : Ettan Digester (GE-Healthcare)
  • Dépôts sur plaque MALDI : Ettan Spotter (GE-Healthcare)

Spectrométrie de masse :

 

  • Spectromètre de masse couplé à une nano-chromatographie liquide : NanoLC-ChipCube-TRAPPE IONIQUE (Agilent Technologies)

 

 

 

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Personnel

Pr. Myriam TAVERNA
Référent scientifique Plateforme

Pr. Bruno BAUDIN
Référent scientifique  protéomique

Pr. Saadia KERDIN-RÖMER
 Référent scientifique transcriptomique

Dr. Anne GARNIER
Référent scientifique transcriptomique

Dr. Claudine DELOMENIE
Ingénieur de recherche Inserm
Responsable technique Transcriptomique

Céline BOURSIER
Ingénieur d'études UPSud
Responsable technique Protéomique

Stéphanie NICOLAŸ
Ingénieur d'études UPSud

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Prestations de service 

Projets scientifiques :

La mise en place d’un projet scientifique et sa réalisation se font après discussion entre les porteurs du projet et les responsables scientifiques et technique de Trans-Prot. Le porteur du projet délègue un collaborateur (doctorant ou personnel technique) qui réalisera les expérimentations après formation par le responsable technique protéomique ou transcriptomique à la démarche expérimentale, à l'utilisation des appareils et à l'analyse des données.

Pour la mise en place de projets scientifiques, merci de nous contacter. Il est nécessaire de remplir au préalable la fiche de demande de collaboration en transcriptomique ou la fiche de demande de collaboration en protéomique.

Mise à disposition des appareils pour le génotypage :

Les chercheurs qui le souhaitent peuvent utiliser la plateforme pour le génotypage en routine des animaux OGM. Ils doivent au préalable avoir mis au point leur protocole d’extraction et de PCR.

Merci de prendre contact avec l’ingénieur responsable de la transcriptomique.

Prestations de service :

Les conditions d'accueil sur la plateforme sont décrites dans la Charte de la plateforme Trans-Prot. Pour des prestations particulières, contacter les responsables techniques et scientifiques.

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Publications

Bisserier M, Berthouze-Duquesnes M, Breckler M, Tortosa F, Fazal1 L, de Régibus A, Laurent AC, PharmD, Varin A, Lucas A, Branchereau M, Marck P, Schickel JN, Deloménie C, Cazorla O, Soulas-Sprauel P, Crozatier B, Morel E, Heymes C, Lezoualc’h F. Carabin protects against cardiac hypertrophy by blocking calcineurin, Ras and CaMKII signaling. Circulation 2015 Jan 27;131(4):390-400.

Yen-Nicolaÿ S, Boursier C, Rio M, Lefeber DJ, Pilon A, Seta N, Bruneel A. MALDI-TOF MS applied to apoC-III glycoforms of patients with congenital disorders affecting O-glycosylation. Comparison with two-dimensional electrophoresis. Proteomics Clin Appl. 2015 Jan 12. doi: 10.1002/prca.201400187.

Péchiné S1, Hennequin C, Boursier C, Hoys S, Collignon A. Immunization using GroEL decreases Clostridium difficile intestinal colonization. PLoS One 2013 Nov 26;8(11):e81112. doi: 10.1371/journal.pone.0081112. eCollection 2013.

Xia L, Deloménie C, David I, Rainer Q, Marouard M, Delacroix H, David DJ, Gardier AM, Guilloux JP. Ventral hippocampal molecular pathways and impaired neurogenesis associated with 5-HT1A and 5-HT1B receptors disruption in mice. Neuroscience Letters 2012, 521(1):20-5.

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Contacts et localisation

La plateforme Trans-Prot est située au 1er étage de la Tour E1 de l’UFR de Pharmacie à Châtenay-Malabry. Ses coordonnées sont les suivantes :

Plateforme Trans-Prot 
IPSIT
Tour E1, 1er étage
5, rue Jean-Baptiste Clément
92296 Chatenay-Malabry Cedex
FRANCE

fax : (+33) 01.46.83.58.03

 
Référent scientifique Trans-Prot Myriam Taverna 01 46 83 54 62 e-mail
Référent scientifique (protéomique) Bruno Baudin 01 46 83 55 21 e-mail
Référent scientifique (transcriptomique) Anne Garnier 01 46 83 52 49 e-mail
Référente scientifique (transcriptomique) Saadia Kerdin-Römer 01 46 83 57 79 e-mail
Responsable technique (protéomique) Céline Boursier 01 46 83 56 78 e-mail
Ingénieur en spectrométrie de masse Stéphanie Nicolaÿ 01 46 83 52 68 e-mail
Responsable technique (transcriptomique) Claudine Deloménie 01 46 83 57 85 e-mail

 

 

 

 

 

 

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Réservations

La réservation des appareils se fait en ligne après obtention des codes d’accès auprès de l’ingénieur responsable. Accès au système de réservation.

 

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Partenaires

IPSIT - Faculté de Pharmacie
Tél. : 01 46 83 58 27
5, Rue J.B. Clément
92296 CHATENAY-MALABRY